A las postrimerías de la Batalla de Pavón del 17 de septiembre de 1861, y la derrota que sufriría la Confederación con un Urquiza retirándose hacia Entre Ríos, y del otro lado Mitre que se dirigió hacia San Nicolás donde terminó de procesar su victoria, y aquí aparecía el Presidente de la Confederación Argentina, Santiago Derqui, intentando reunir en la ciudad de Rosario las tropas, a lo cual luego de varios intentos fallidos de esto, el 5 de Noviembre desiste de tal faena y abandona todo, dejando la presidencia y huyendo hacia Montevideo abordando el buque inglés Ardent, sin dejar a ciencia cierta una renuncia formal, con tan solo una esquela a Pedernera, implorando que se reúna con Urquiza e intenten por todos los medios recuperar el control y revertir toda la situación, a lo cual asume Juan Esteban Pedernera, pero sería desconocido por el resto de los gobernadores, intentarían reagruparse en Rosario, disparar varios ataques desde allí, pero quedaría todo signado el 22 de noviembre en la matanza de Cañada de Gómez, y así en diciembre debería Pedernera también dejar el cargo de la presidencia.